سرد مركز الأزهر للفتوى الإلكترونية، الطريقة المثلى للتعامل مع  الملحدين حيث رأى ضرورة أهمية دراسة كل حالة إلحادية على حدة، وعدم الاغترار بوجود بعض العوامل المشتركة بين الملحدين أو المتشككين؛ حيث إن الإخلال بهذه الضوابط يساعد في تفشي ظاهرة الإلحاد وتناميها بشكل يصعب علينا مواجهته أو الحد منه.

وأكد الأزهر للفتوى على اعتماد المؤسسات الإفتائية على شباب المفتين المدربين على فهم ظاهرة الإلحاد ومهارات التعامل مع الشباب، الذين يشكلون أكثر طوائف المجتمع عرضة للإلحاد؛ وذلك لتقارب أعمارهم، ولكونهم أقدر على تقديم المساعدة لهم دون إشعارهم بالسلطوية أو الفوقية.

وشدد على ضرورة تفعيل دور الأسرة في احتواء الأبناء الذين قد تظهر عليهم بعض علامات التشكك في فهم الأحكام الشرعية وتكييفها، بإتاحة الفرصة لهم للمناقشة والحوار الجاد مع المتخصصين والدارسين، للحد من استقطاب الملاحدة لهم بأي طريقة كانت.

وقال الأزهر للفتوى الإلكتروني إنه يجب على وسائل الإعلام بالتحلي بروح التعاون البناء والمشاركة الفعالة مع المؤسسات الدينية والإفتائية في كل ما تعرضه من قضايا وأفكار خاصة بالإلحاد وشبهاته؛ لأننا ندرك تأثير هذه الوسائل في الواقع، ولأن هذا التعاون سيسهم في مواجهة خطر الإلحاد والحد من تداعياته على الأسرة والمجتمع.

وشدد على دورالجامعات ومؤسسات البحث العلمي نحو إجراء الدراسات العلمية المتخصصة التي تناقش دوافع الإلحاد ومفاهيمه وظروفه في صورته الفردية والجماعية، وعقد اللقاءات الحوارية المفتوحة مع الشباب بالتعاون مع المؤسسات الإفتائية والمتخصصين في العلوم الإنسانية والطبيعية؛ بغية تفنيد شبهات الإلحاد.